Сора узнаёт, что его воспоминания меняла девочка по имени Намине, которую Организация XIII держала как пленницу. Встретившись внутри сознания Соры с Роксасом, Ксион и Вентусом, Рику узнаёт, что Ансем Мудрый записал в подсознании Соры данные, которые позволят спасти тех, кого хотел спасти Сора. Король Микки находит ДиЗа, который открывает свою истинную сущность: он и есть Ансем Мудрый. Тем временем, Король Микки узнаёт от Йена Сида шокирующие новости: с уничтожением «Ансема» и Ксемнаса возродился Мастер Ксеханорт. В Терру вселился Мастер Ксеханорт, чтобы омолодиться, а затем, во время одного из свои опытов, Ксеханорт, взявший себе имя Ансема, стал Бессердечным, а тело Терры стало Ксемнасом. Чтобы восстановить прежние воспоминания Соры, Намине усыпляет Сору, Дональда, Гуфи и Джимини на один год, при этом во время сна они потеряют все воспоминания о Замке Забвения. Игрок управляет главным героем (почти во всех играх это Сора), во время боя ему могут помогать неигровые персонажи (в основном это Дональд и Гуфи). Сразу после этого Сора получает оружие для борьбы с ними – Ключ-Клинок (яп.

Через неделю после успеха Рику Сора, Дональд и Гуфи просыпаются в Сумеречном городе (яп. Сора, Дональд и Гуфи прибывают на базу Организации XIII, в Мир, Которого Никогда Не Было (яп. Но тринадцатый член Организации XIII, Роксас, мешал восстановлению памяти Соры. Они узнают о Несуществующих, объединённых под началом Организации XIII. Они помогают игроку в синтезе и продают вещи. Как Бессердечные, так и Несуществующие имеют самый разный внешний вид и размеры, но лишь немногие остаются похожими на людей, в частности, Несуществующие людей, обладающие сильными сердцами, сохраняют человеческий облик. В каждой игре можно использовать простые удары, магию и вещи, а в некоторых играх – ещё и призывы, хотя в определённых играх боевая система отличается от той, что в основной серии, в частности, в Chain of Memories. Муглы из Final Fantasy также являются неотъемлемой частью серии, присутствуя в каждой игре. Как и манга, ранобэ делится на серии, каждая серия посвящена одной игре. Как национал-социалисты мы связываем нашу программу с нашим флагом.

Вентус пожертвовал собой, чтобы уничтожить Ванитаса – тёмную часть своего сердца, которую когда-то отделил от него Ксеханорт. Хотя в играх есть миры, созданные специально для них, большую часть игрового процесса герои проводят в мирах вселенных Диснея, помогая героям этих миров и сражаясь против злодеев. Главные герои обычно защищают сердца миров от Бессердечных, запечатывая к ним проходы «замочные скважины» с помощью Ключ-Клинка – оружия игрового персонажа. Йен Сид приказывает Микки найти Сору и Рику, чтобы они смогли пройти экзамен на звание Мастера Ключ-Клинка. Трое продолжают свои поиски Короля Микки и Рику. Трое побеждают Ансема и запечатывают дверь с помощью Короля и Рику, стоящих с другой стороны двери. Чтобы поймать Роксаса, Рику добровольно превратился в Ансема и таким образом приобрёл силы тьмы. Герои встречают Короля Микки, который говорит им, что «Ансем», которого Сора победил, – Бессердечный Ксеханорта, ученика настоящего Ансема. Герои не должны говорить обитателям миров то, что они – из другого мира: это нарушит порядок во вселенной.

Главные герои, путешествующие между мирами, никогда не говорят обитателям миров о существовании других миров, чтобы не нарушать порядок их существования. Все трое путешествуют по мирам, основанным на мультфильмах студии Disney, запечатывая сердца миров, при этом защищая их от Бессердечных. Дизайн персонажей и миров, созданных специально для игры, выполнен в стиле фэнтези с элементами научной фантастики. Во всех играх серии Kingdom Hearts есть элементы как ролевой игры, так и экшна. Год спустя Сора, Рику и Каири получают письмо от Короля Микки, содержимое которого не было показано в Kingdom Hearts II, а только в Kingdom Hearts coded. После закрытия двери к Королевству Сердец трое героев начинают искать Короля и Рику. Тем временем Рику оказывается в замке и путешествует по нему с помощью Короля. Тем временем Каири похищена Несуществующими. Тем временем, отбросив свои опасения, что Принцессы сердца будут втянуты в войну, Йен Сид решает набрать семь ключеносцев (включая Каири, которая овладела Ключ-Клинком), чтобы противостоять тринадцати носителям тьмы. В Kingdom Hearts: Dream Drop Distance Йен Сид посылает Сору и Рику в Реальность Сна, где герои сталкиваются с юным Ксеханортом, умеющим путешествовать во времени. В космологии Kingdom Hearts у миров тоже есть сердца, и Бессердечные пытаются добраться до них.